当两辆摩托车发生碰撞，且双方都拥有保险时，理赔流程通常是这样的：
首先，交强险会发挥作用。
交强险设有明确的责任限额，其中财产损失赔偿限额为固定数额，这意味着在因碰撞导致对方财产受损的情况下，可先由交强险赔付固定数额；医疗费用赔偿限额是固定数额，用于支付对方的医疗相关费用；死亡伤残赔偿限额为固定数额，若造成对方人员死亡或伤残，可在此限额内进行赔偿。
超出交强险部分的费用，就要按照事故责任比例，由双方的商业险来赔付。
如果双方都购买了第三者责任险等商业险，那么就按照事先约定的比例来分担这些费用。
倘若一方没有购买商业险，或者其商业险金额不足以赔偿全部损失，那么不足的部分就需要由该方自己承担。
另外，在这个过程中，双方车辆的维修费用等直接损失，同样根据责任比例由双方承担。
并且，在理赔时，一定要及时通知保险公司，同时要妥善保留好相关证据，像现场照片、事故认定书等，这样才能确保理赔工作顺利进行。

案情回顾:

小朱和小李分别骑摩托车发生碰撞，双方都有保险。小朱受伤花费医疗费用25000元，车辆维修花3000元。双方对超出交强险部分费用的承担比例存在争议，且小朱认为小李通知保险公司不及时影响理赔。

案情分析:

1、交强险部分，小李交强险应赔付小朱医疗费用18000元、财产损失2000元。
2、超出交强险部分，小朱医疗费用剩余7000元、车辆维修费用剩余1000元，共计8000元，应按事故责任比例，由双方商业险按约定分担。
3、若一方商业险不足或无商业险，需自行承担不足部分。且通知不及时若影响理赔，责任方应承担相应后果。