判断协议是否有效，需从多方面综合考量，具体如下：
1.当事人的民事行为能力：协议当事人应具备相应的民事行为能力。
若当事人为无民事行为能力人，比如不满八周岁的未成年人、不能辨认自己行为的八周岁以上的未成年人、不能辨认自己行为的成年人等，其独立签订的协议通常无效。
限制民事行为能力人，如八周岁以上的未成年人、不能完全辨认自己行为的成年人，若签订与其年龄、智力、精神健康状况不相适应的协议，也可能无效。
2.意思表示的真实性：当事人签订协议须出于真实意愿，不存在欺诈、胁迫、重大误解等使意思表示不真实的情形。
3.协议内容的合法性与合规性：协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。
例如，以违法犯罪活动为内容的协议，或者损害国家、集体、第三人利益的协议，均为无效。
若满足上述条件，协议一般有效；反之，可能无效，需结合具体情况分析。

案情回顾:

小朱与小李签订了一份合作协议，小朱主张协议无效，争议点在于协议是否满足有效条件。小朱称小李签订时受胁迫且部分条款涉违法活动；小李则称协议是双方自愿签订，内容合法。

案情分析:

1、关于民事行为能力，需确认双方是否具备相应能力，若一方为无或限制民事行为能力人且签订不相适应协议，可能无效。本案中无相关迹象表明存在此问题。
2、意思表示真实性方面，若小朱能证明小李签订时受胁迫，该协议可能无效；若不能证明，且不存在欺诈、重大误解等，协议在该方面有效。
3、协议内容合法性与合规性上，若存在违法或违背公序良俗条款，协议无效。需核实小朱主张的违法条款是否属实。