在确定医疗纠纷民事案件的损害赔偿标准时，法官的自由裁量权比较大。目前比较通行的观点是：医疗事故赔偿纠纷应当参照《医疗事故处理条例》；如参照《条例》处理患者所受损失无法得到基本补偿的，可以适用相关司法解释的规定适当提高赔偿数额。
《医疗事故处理条例》第50条规定，医疗事故赔偿项目包括医疗费、误工费、住院伙食补助费、陪护费、残疾生活补助费、残疾用具费、丧葬费、被扶养人生活费、交通费、住宿费和精神损害抚慰金共11项，并明确了计算标准。