关于法院对分居两年离婚时财产的判决，遵循着一系列明确的原则，以下为您详细介绍：
1.夫妻共同财产的认定：
法院首先要确定哪些财产属于夫妻共同财产。
在婚姻关系存续期间，夫妻双方所得的工资、奖金，是常见的共同财产。
比如夫妻双方在工作中获得的劳动报酬，无论是基本工资还是绩效奖金，都属于共同财产范畴。
此外，生产经营收益，像夫妻共同经营店铺所获得的利润等，也都算在内。
2.均等分割原则：
通常情况下，夫妻共同财产会进行均等分割，也就是原则上双方各得一半。
不过，法院在实际判决时，还会综合考虑多种因素。
比如会适当照顾子女、女方和无过错方的权益。
3.照顾无过错方：
若一方存在重婚、与他人同居或者实施家庭暴力等过错行为，在分割财产时，这一方会适当少分。
4.照顾子女和女方权益：
考虑到女方在家庭中往往承担更多照顾责任，像照顾孩子、料理家务等，同时也要考虑对子女成长的影响，所以在分割财产时会对女方和抚养子女一方予以适当照顾。
5.特殊情况特殊处理：
如果一方对家庭贡献较大，比如一方全身心投入事业，为家庭积累了大量财富；或者财产有特殊来源等，法院会根据具体情况合理分割财产。

案情回顾:

小朱和小李结婚多年后分居两年，现起诉离婚涉及财产分割。争议点在于财产如何分配，如双方工资奖金、共同经营店铺利润等共同财产，且小朱存在与他人同居行为。

案情分析:

1、夫妻关系存续期间，双方工资奖金、店铺经营利润等属于共同财产范畴，这部分财产应依法进行分割。
2、一般遵循均等分割原则，但法院会综合考量多种因素。
3、小朱与他人同居存在过错，分割财产时应适当少分，以体现公平。
4、若小李在家庭中承担更多照顾责任，如照顾子女、料理家务等，分割财产时会对其适当照顾。
5、若一方对家庭贡献较大或财产有特殊来源，法院会根据具体情况合理分割财产。