针对农村房屋纠纷问题，解决方案可供参考如下：首先，当事人双方可直接进行协商以达成共识；其次，可寻求政府相关职能部门进行调解；再者，若争议无法得到妥善处理，亦可向当地仲裁委员会提出仲裁申请；最后，如有必要，还可通过法律诉讼程序加以解决。值得注意的是，一旦补偿协议签订生效之后，任何一方未能按照协议约定履行相应义务的，另一方可依据法律规定，依法启动诉讼程序维护自身合法权益。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十五条房屋征收部门与被征收人依照本条例就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。