一户两宅合法的情况下都是可以确权的，不合法的，如果否和分户条件，可以通过申请分户来进行确权。
农村房屋确权原则
1、农村房屋宅基地使用的合法性：农村房屋必须是在宅基地或建设用地上建的房子才可以进行房屋确权。
2、农村房屋确权必须是房地一致的原则：也就是说房屋和宅基地必须是同一个人。
3、协调配合：农村房屋确权涉及到土地管理部门、城建规划部门、房屋管理部门，过程中各个部门须密切配合，信息共享。
4、公示公开原则：需要将房屋登记依据、房屋登记条件、房屋登记程序、房屋登记内容进行公示，方便社会公众知晓。
《民法典》第二百零八条 不动产物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记。动产物权的设立和转让，应当依照法律规定交付。