在劳动仲裁期间公司倒闭的，应该在仲裁裁决生效后，尽快申请法院强制执行。
因为在强制执行期间，企业是不可以宣布破产及注销的。
但是，员工申请仲裁不影响公司申请破产。
公司破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，应当先用于支付员工的工资。

《劳动争议调解仲裁法》第二条
中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。