公司未设立已经出资款项应当按照出资协议书或者公司设立协议进行返还。

《公司登记管理条例》第十七条第一款：
“设立公司应当申请名称预先核准”和第十八条第一款：
“设立有限责任公司，应当由全体股东指定的代表或者共同委托的代理人向公司登记机关申请名称预先核准”，故公司设立登记应向工商管理登记机关申请。在公司设立过程中，设立人按相互间协议共同创设活动，设立人之间关系应认定为民事合伙协议。
出资协议书或公司设立协议的主要内容应包括：
1、拟设立公司的注册资本，出资方式和出资时间，出资不到位的法律责任。
2、发起人在设立公司过程中的具体权利义务。
3、公司设立过程中及公司不能设立所发生的费用承担。
4、公司设立过程中对外发生的债务承担约定。
5、公司不能设立造成损失的责任认定及后续处理。