公司变更股东登记的流程是：
第一步：
申请人持相关材料向工商行政部门提出申请，经受理审查员初审通过，开具《受理通知书》或者《申请材料接收单》；
不符合受理条件的，在当场或者5个工作日内一次性告知申请人应当补正的全部材料
（出具告知单)。
第二步：
工商部门对申请人申请材料齐全、符合法定形式的，当场作出是否准予登记的决定并出具《登记决定通知书》；
需要对申请材料的实质内容进行核实的，出具《企业登记材料需要核实事项告知书》，工商管理部门必须在10个工作日内作出核准或者驳回申请的决定。
第三步：
在5个工作日后
（申请材料的实质内容需核实的除外)，申请人可以凭《登记决定通知书》到发照窗口换发《准予变更登记通知书》。

《公司法》第三十四条
有限责任公司变更股东的，应当自变更之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的主体资格证明或者自然人身份证明。有限责任公司的自然人股东死亡后，其合法继承人继承股东资格的，公司应当依照前款申请变更登记。有限责任公司的股东或者股份有限公司的发起人改变姓名或者名称的，应当自改变姓名或者名称之日起30日内申请变更登记。