在涉嫌犯有职务侵占罪的案件中，倘若犯罪嫌疑人选择否认自己的犯罪行为，那么司法机构将根据已有证据进行深入调查与分析，以期证实其犯罪事实。
若经审查，相关证据确凿且充足，足以证明犯罪嫌疑人的罪行成立，即便其仍坚持否认，亦可依据法律规定对其进行定罪量刑。
在实际的司法操作过程中，司法人员会全面审视各类证据，包括但不限于物证、书证、证人证言、被害者陈述、犯罪嫌疑人及被告人口供与辩护词、鉴定意见、现场勘查、检验、辨认、侦查实验等记录、视听材料以及电子数据等。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条
【重证据、重调查研究、不轻信口供原则】对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。
证据确实、充分，应当符合以下条件：
（一）定罪量刑的事实都有证据证明；
（二）据以定案的证据均经法定程序查证属实；
（三）综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。