在涉及到黄金商店在交易环节多交付予顾客贵重金属，且顾客拒绝返还甚至有侵吞之意的情况下，案件的立案标准应该重点审视以侵吞金额及其行为的严重性为依据。
通常来讲，当所侵吞的金额已经超出了20,000元人民币的门槛时，便应当启动立案程序进行追究。
然而，在实际的司法操作中，我们还需结合行为人的主观恶意程度、所引发的不良后果等多个方面来全面评估。
即便侵吞金额尚未达到20,000元人民币的标准，但若行为人的侵吞行为性质恶劣，例如反复实施此类行为、经过黄金商店多次催促仍然拒不归还等，同样有可能被立案调查。
值得一提的是，由于各地区的经济发展水平及社会治安状况存在差异，因此在具体的司法实践中，对立案标准的设定可能会因地制宜，作出相应的调整。

《关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》第七十六条
〔职务侵占案（刑法第二百七十一条第一款）〕公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额在三万元以上的，应予立案追诉。