检察机关在对立案进行监督时，其操作流程包括以下重要环节：
首先要对每一个可能存在的刑事立案监督线索进行深入的审查探究，确保其满足刑事立案的基本标准及条件；其次，检察机关将对该线索展开全面细致的调查工作，以了解是否确实具备必要且充分的立案依据；第三步，当发现公安机关未依照规定进行立案处理或者其解释的不立案原因并不合理时，检察机关有权向其发出强制性的立案要求，同时需要公安机关详细解释这些“不立案”的正当性和合理性；在此基础上，检察机关将对此类问题进行再次的深入审查；对于公安机关已经依法受理并调查的案件，但是经审查并没有发现犯罪事实的也有责任对其进行引导纠正工作；第四步，检察机关同时受理被害人针对此类案件的具体控诉，以便作出公正、客观的判断；最后，经过全面的分析和判断，检察机关将区分不同情况发出相应的通知指令：
如若决定对已经立案的案件进行全力追查，那么就会通知公安机关继续加大立案力度；如果发现案情不足以达到立案标准，将会责令公安机关立即停止调查并撤销相关立案文件。
以上步骤都必须经过严格的审批程序，一旦发出通知就必须全程跟踪监督。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十三条
人民检察院认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查的，或者被害人认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查，向人民检察院提出的，人民检察院应当要求公安机关说明不立案的理由。
人民检察院认为公安机关不立案理由不能成立的，应当通知公安机关立案，公安机关接到通知后应当立案。