在涉及到强奸罪的案件中，存疑不起诉并非不可行。
若案件中的相关证据未能充分证实犯罪嫌疑人是否实际实施了强奸犯罪行为，且其中的确存在着合理的疑问尚未得到澄清，那么检察院有权依据事实情况做岀存疑不起诉的判断。
而这样做的目的在于确保法律能够被公正、精准地执行，以此防止无辜者遭受不白之冤。
然而，这一决策的做出必须经过严谨的审查与评估过程。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条
【补充侦查】人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。