宅基地房屋拆迁纠纷的处理方式主要有以下几种：
一、协商解决
协商解决是处理宅基地房屋拆迁纠纷最为理想的方式。
在拆迁过程中，拆迁方和被拆迁方围绕补偿安置等核心问题展开友好协商。
通过充分的沟通与交流，当双方对各项条款达成一致意见后，便会签订拆迁补偿安置协议。
这种方式不仅便捷，而且能最大程度降低双方的时间、精力和经济成本。
二、行政裁决
若协商无法达成一致，被拆迁人或者房屋承租人可以向房屋拆迁管理部门申请行政裁决。
相关部门在接到申请后，会对纠纷的具体情况进行全面调查。
他们会依据相关的法律法规，结合拆迁项目的实际情况以及双方提供的证据材料，客观公正地作出裁决。
三、行政复议或诉讼
如果当事人对行政裁决结果不满意，可在规定期限内申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼。
在行政复议中，上级行政机关会对裁决进行审查；在行政诉讼中，法院会依据法律和事实进行公正审判，以此维护当事人的合法权益。
四、民事诉讼
当拆迁人与被拆迁人之间就补偿安置等民事问题产生争议时，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
法院会根据双方提交的证据和相关法律规定，依法作出公正的判决。

案情回顾:

小朱的宅基地房屋面临拆迁，与拆迁方小李就补偿安置问题产生争议，焦点在于房屋评估价值及安置房屋面积。双方协商无果后，小朱申请行政裁决，对裁决结果不满又提起行政复议，复议结果出来后仍有异议，遂提起行政诉讼，后又以民事争议为由提起民事诉讼。

案情分析:

1、协商阶段，双方未能就核心问题达成一致，可能是对房屋价值及安置面积的预期差距较大。
2、行政裁决时，相关部门应依据法规和证据公正裁决，但可能因理解偏差或证据不足影响结果。
3、行政复议和诉讼是对裁决结果的救济途径，上级机关和法院会审查合法性与合理性。
4、民事诉讼则聚焦民事争议，法院会依据证据和法律作出公正判决。