对于未经登记注册的房屋进行拆迁时的补偿标准如下：若该类建筑物被判定为合法建筑，则其所有人有权利要求获得房屋补偿费用，装修费用，安置费用及搬迁费用等方面的补偿；
同时还可以获取包括困难补助及奖励在内的多种补助金以及各类家电设备移位补偿，而对于非住宅性质的房屋，其经营损失也可得到相应补偿。
然而，若该类建筑物被判定为违章建筑，则其所有人将无法提出任何补偿要求。在城市环境下，即使某些房屋未办理房产证，但仍可能面临征收的情况。在此种情形下，若房屋被认定为合法建筑，则其所有人有权要求获得房屋补偿费用，装修费用，安置费用以及搬迁费用等方面的补偿。反之，若房屋被认定为违章建筑，则其所有人将无法提出任何补偿要求。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条
作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
(一)被征收房屋价值的补偿;
(二)因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿;
(三)因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条
市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿;对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。