公司被员工申请劳动仲裁只是解决劳动纠纷的一种法定方式，被申请，申请都是法定的权利与程序义务。被申请了也不会影响公司的证信力，并不能说明公司就有违法与不良行为，不会因此纳入黑名单或受到什么处理。最多是上级主管机关因为劳动纠纷过多，提示公司加强管理和公司的约束机制建设，构建和谐的劳资关系。

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。