怀孕在家办公工资打折不合法。
按照相关法律规定，怀孕女职工在休产假期间应当正常发放工资福利。
但产假期间公司发放的工资和社保局发放的生育津贴不能同时享受。
生育津贴的计算方法为：
月缴费工资/30天×产假天数。

《中华人民共和国劳动法》第二十九条
女职工在孕期、产期、哺乳期内，用人单位不得解除劳动合同。
《中华人民共和国妇女权益保障法》第二十七条
任何单位不得因结婚、怀孕、产假、哺乳等情形，降低女职工的工资，辞退女职工，单方解除劳动（聘用）合同或者服务协议。
但是，女职工要求终止劳动（聘用）合同或者服务协议的除外。