一、存疑不起诉概述
2012年我国《刑事讼诉法》进行了一些修改。其中一处修改是将存疑不起诉中“可以作出不起诉决定”改为了“应当作出不起诉决定”。两字之差，体现了立法在不断地进步与完善。人民检察院认为侦查机关提供的证据能够理清犯罪行为的主要线索，收集的证据符合起诉条件的，应该向人民法院提起公诉，同时将案卷材料、证据移送人民法院。因此在两次补充侦查以后，仍然证据不足的案件，人民检察院只能按照《刑事诉讼法》第12条之规定，不得追究犯罪嫌疑人的责任。2012年修改后，用“应当不起诉”代替“可以不起诉”，纠正了1996年《刑事诉讼法》第140条第4款的不足之处。这一修改体现了立法的规范化、科学化，符合疑罪从无原则和无罪推定原则的基本精神，能够更好地保护刑事诉讼中犯罪嫌疑人的人权。
存疑不起诉的适用，需要满足的本质要求是证据不足。我国《人民检察院刑事诉讼规则》对此作了相关规定:满足下列条件的案件，不能确定犯罪行为由犯罪嫌疑人所为，即事实不清、证据不足，不能满足提起公诉的证据标准:(1>侦查机关收集的证据模糊不清，无法证实证据的真假;(2)犯罪基本案情无法被现有证据证明;(3)收集到的证据间存在矛盾，并且无法通过其他证据予以排除;(4)收集到的证据表明犯罪行为可能由其他人作出。《刑事诉讼法》第144条规定，侦查机关侦查结束后，将案件移送起诉，公诉机关决定不起诉的，应当将不起诉决定书送达侦查机关。
侦查机关所收集的证据能够说明犯罪主要事实，确定犯罪嫌疑人等客观要素，案件的犯罪事实清楚、证据确实充分，公诉机关应该依照法律规定追究犯罪嫌疑人的刑事责任，同时移送案件有关的材料、证据。因此，两次补充侦查过后，依然被认定为证据不足的案件，根据没有经过人民法院判决，不能确定任何人有罪并承担刑事责任的原则，公诉机关不得追究犯罪嫌疑人的责任。法院判决的作用是终结诉讼，与法院的判决不同，检察机关的存疑不起诉是一种依职权做出的处分决定，其效果是终止诉讼。
二、存疑不起诉与其他不起诉的区别
不起诉制度在刑事诉讼过程中起着举足轻重的作用。具体来讲，不起诉就是指检察机关对不符合起诉条件的案件终止诉讼而不交付法院审判的处分决定。根据中国刑事诉讼法的规定，侦查机关侦查终结后，将案件移送公诉机关。公诉机关对案件完成审查后，认为案件的事实不清、证据不足，犯罪嫌疑人的行为不满足起诉要求或没有起诉必要的，作出对犯罪嫌疑人不起诉的决定，不追究犯罪嫌疑人刑事责任。我国刑事诉讼过程中的不起诉分为四种，分别是法定不起诉、酌定不起诉、存疑不起诉、附条件不起诉。存疑不起诉与法定不起诉、酌定不起诉、附条件不起诉的区别主要体现在以下方面:
1、适用对象不同。
存疑不起诉适用于经过补充侦查的案件，所收集的证据仍然不能说明案件主要事实或不能确定犯罪嫌疑人的;没有犯罪事实，或者存在依照刑法不需要追究责任，我国刑事诉讼法明确规定的四种情形，适用法定不起诉;犯罪情节轻微，不需要判处刑罚或犯罪嫌疑人应免除刑罚，应适用相对不起诉;涉嫌实施犯罪行为时不满18周岁的未成年人，可能判处一年有期徒刑以下刑罚，收集的证据足以证明犯罪事实，但愿意进行悔改，补偿被害人损失的，可以适用附条件不起诉。
2、适用主体的权限不同。
对存疑不起诉和酌定不起诉的案件，检察院享有自由裁量权，即可以选择是否起诉;对于附条件不起诉案件，检察院享有自由裁量权，即可以选择是否适用附条件不起诉;对于法定不起诉案件，检察院不享有自由裁量权，即应当不起诉。
3、法律效力和后续法律效果不同。
在法律效力上，公诉机关决定对犯罪嫌疑人法定不起诉、证据不足不起诉、以及酌定不起诉的，应当立即释放犯罪嫌疑人;而对于被附条件不起诉的，被附条件不起诉人有6个月以上一年以下的考验期。在后续法律效果上，对于被存疑不起诉人，在发现新的证据，符合起诉条件时，可以提起公诉;对于被附条件不起诉人，在考验期内出现违反相关规定的情形，公诉机关应撤销附条件不起诉决定，提起公诉;考验期满的，没有发生法律规定的撤销附条件不起诉的情况，公诉机关应对犯罪嫌疑人作出不起诉决定。法定不起诉人和酌定不起诉人，检察机关发现不起诉决定确有错误，符合起诉条件的，应当撤销不起诉决定，提起公诉。
4、对被不起诉的救济方式存在差异。
在法定不起诉、酌定不起诉和存疑不起诉中，被不起诉人认为不起诉决定有错误的，在收到决定书后7口之内，可向检察机关申诉，对申诉的处理，由检察院依据具体情况，作出相应的决定。在检察机关决定附条件起诉后，被不起诉人及其法定代理人对不起诉决定有异议，可向检察机关提出，检察机关应作出起诉的决定。
二、存疑不起诉制度的价值
1、人权保障价值
随着时代的发展与法制的进步，人权的保护受到越来越多的人的关注。二十世纪中叶以来，人权保护观念越来越深入人心，在诉讼中如何有效保障各方当事人的基本人权不受侵害，成为国际法律界都关心的话题之一。2004年修改的宪法中，新增加了“国家尊重和保障人权”的条文，在国家根本大法中，人权的概念最终予以确认。在诉讼程序中，当事人的人权是否得到保障、保障的力度如何，成为评价本国刑事诉讼程序好坏的重要标准之一。
刑事诉讼程序的首要目标就是保障人权，如果刑事诉讼程序中的某些制度自身存在威胁公民人权的可能，那么存在问题的诉讼程序向前推进，只可能进一步威胁公民的权利。我国2012年刑诉法修正案中，“尊重和保护人权”被正式写入宪法，标志着我国保障人权的重大进步。刑事诉讼活动是追究刑事责任的诉讼程序，关系着犯罪嫌疑人、被告人的人身、财产、生命等重大权益，对社会秩序影响重大。一旦出现问题，会侵害公民合法的诉讼利益，影响法律在人民群众心中的权威②。所以，刑事诉讼制度对公民的权益影响最为重大，直接影响着人民群众的切身利益和社会的和谐稳定。人权保护写入宪法，正是刑事诉讼法与宪法之间相互影响的体现，刑事诉讼过程中疑罪从无原则也更加宪政理念一致。存疑不起诉，目的是为了控制公诉机关审查案件的质量，避免没有根据的对公民提起诉讼，甚至追究刑事责任，因而这对于保护人权起着基础和重要的作用。
2、程序正义价值
存疑不起诉的理论基础在于无罪推定原则。意大利法学家贝卡利亚在其著作《论犯罪与刑罚》一书中指出，没有法院的宣判，任何人都不得被称为罪犯。没有确凿的证据证明一个人违反了社会公共契约，就不应该取消对他人身权利的保护。这一原则在《公民及政治权利国际盟约》、《世界人权宣言》等法律文件中均被提及，被看作公民维护基
本权利，抵御国家权力滥用的有力武器。
无罪推定原则是诉讼制度发展史上意义重大的进步，在后来的进一步完善中，建立和完善了不同于有罪推定的制度体系。无论是大陆法系还是英美法系，均对无罪推定原则进行了规定和细化，具有不同的特点，比如，英美法系将无罪推定原则定义为“任何人在证明有罪之前应当推定为无罪”，而大陆法系国家的理论或立法一般表述为“任何人在被宣告为犯罪者之前，均应推定为无罪”。英美法系强调无罪推定的重要地位，而大陆法系旨在确立法院审判的最终权威。结合两大法系的观点，无罪推定原则可以大致概括为:只有经过合法、正当程序，并由法院做出有罪判决，才能对公民定罪，被告人不应承担证明自己有罪的责任，任何人在判决确定为有罪之前，应视为无罪，理应受到相应的人权保障。
3、诉讼效率价值
诉讼资源是一种宝贵的社会资源，这种资源同样具有稀缺性。犯罪案件大量积累不能结案，诉讼资源相对于数量众多的刑事案件严重不足，困扰着各国政府。司法资源无法即使解决案件，将会严重破坏社会秩序，降低法律在人民群众心中的权威，从而引起越来越多的以诉讼以外的方式解决矛盾，比如现在愈演愈烈的非正常上访。 诉讼效率原则的价值毋庸置疑，而存疑不起诉制度正是为了实现这样的价值要求。在实践中，以下因素会影响案件解决的效率:(1)诉讼期限，即诉讼程序各阶段的期限要求;(2)诉讼程序，即诉讼活动由上一阶段过度到下一阶段的步骤与要求;(3)诉讼
措施、诉讼方式的选用。存疑不起诉实际上起到的是一个筛选作用，达到起诉标准的案件，可以随即进行起诉，而不到起诉标准的案件，在起诉前就使其终止，提高了法院审理案件的速度，可以集中审判力量解决大案要案，从而实现诉讼效率的提高。
检察机关提起公诉，应该综合考虑实体公正、程序正当和诉讼效率之间的关系。诉讼程序需要消耗许多经济资源，提升司法机关的效率，可以减少这种经济资源的消耗，这种司法程序的经济性，应该成为评价诉讼程序的价值标准，进而在司法实践中努力实现这一目标。如何用最少的审判资源，最大限度的实现法律的公正、维护社会价值，节
约司法成本。对于己经经过两次补充侦查仍然证据不足的案件，不及时终止诉讼，不仅给国家的司法资源造成浪费，同样也将严重影响当事人的正常生活。
四、存疑不起诉的适用条件
适用存疑不起诉需要满足一定的条件，其中之一是要补充侦查两次，仍然认为事实不清、证据不足。这种补充侦查的程序要件，也是立法进步的体现。在刑事诉讼法还未修改前，存疑不起诉不要强制要求补充侦查要达到一次还是两次，但是，2012年新修改的刑事诉讼法规定，公诉机关在审查起诉时认为案件事实不清、证据不充足时，还不应
该决定存疑不起诉，而是应该把按键退回到侦查机关进行再一次的侦查，经过补充侦查是证据不足不起诉必须达到的条件。而且补充侦查也不是无限期的一直侦查，这样会损害诉讼当事人的利益，所以有一定的期限。一般情况下是以三十天为限期的。法律这样的规定一方面有利于侦查案件、惩罚犯罪，另一方面，能够让没有证据证明的犯罪嫌疑
人尽可能早的恢复自由，节约诉讼资源。如果法律规定所有案件都不能退回道侦查机关进行再一次的侦查，可能会造成案件侦查不清、证据不能充分收集。在审查起诉时，发现案件侦查阶段造成案件事实或者当事人有遗漏，案件事实不清，证据不足，这时又不得退回侦查机关进行再一次的侦查，就无法达到打击犯罪的法律目的。所以，通过两次补充侦查，侦查机关有机会针对上次没有查清的案件事实和犯罪证据，可以再一次争取罪证，可能原来事实不清、证据不足的案件变得清楚明白，达到提起公诉的标准，更好的保护受害者的合法权利，确保了司法公正，保障人权。我国法律通过法律的规定，进一步明确了补充侦查的法律程序。在司法实践中，应该减少由于法律规定存在的疏漏，造成执行上产生不良的影响，不得因为退回补充侦查的法律规定，而去破坏保障人权和提高效率的价值追求。对于侦查结束的案件，需要补充侦查的，公诉机关可以把案件退回到侦查机关进行再次侦查，也由检察机关的侦查部门自行侦查。因此，当案件事实不清、证据不足时，检察机关不仅可以当案件退回到公安机关补充侦查，人民检察院自身可行使权力，对案件进行进一步的侦查。如果搜集到的证据能够证明犯罪嫌疑人实行了犯罪，而具体情节轻重、该如何定罪量刑等问题的证据不够充分，检察机关可以根据己经确定的案件事实，对犯罪嫌疑人进行起诉。总之，当一个案件事实不清、证据不足的时候，起诉机关应该做出对犯罪嫌疑人有利的决定，这在审查起诉中，有两方面的内容:第一，案件中犯罪嫌疑人定罪所依据的证据是否可以达到起诉标准;第二，如果犯罪嫌疑人罪犯事实清楚明白，而应判处什么样的刑罚方面，证据存在一定的疑问，则仍应该提起诉讼。
公诉机关作出存疑不起诉决定，应该满足的实质要求就是案件事实不清、证据不足。我国法律有明确对应，案件事实不清、证据不足的，现有证据不能证明犯罪行为由犯罪嫌疑人所为，属于存疑不起诉的适用范围，应当做出不起诉决定。具体有以下几种情况:一是收集到的案情存有疑问，现有证据不足以排除合理怀疑，;二是犯罪行为的基本过程缺乏有力证据的证明;三是收集到的证据之间存在矛盾之处，并且不能通过其他证据印证;四是根据搜集到的证据可能得出犯罪行为不是犯罪嫌疑人所为。因此，事实不清、证据不足，是公诉机关作出不起诉决定的决定性要素，侦查机关搜集的证据不能证明案件事实的，公诉机关就应因证据不足而不提起诉讼。
五、存疑不起诉的证据条件问题
存疑不起诉，什么样的证据可以视为“存疑”，“存疑”的标准比较模糊。首先，我国刑事诉讼证据证明标准模糊不清，法律明文加以规定约束的范围十分有限。我国现行的刑事诉讼法针对证据证明力的大小有一些规定，但是对证据的判断、认定、证明能力的大小等问题方面的法条叙述模糊、实用性不强，因此最高法和最高检针对这些法律没有规定的证据规则，进行了一些细化的规定，但因为是最高法最高检内部规定，两个机关规定的内容在某些地方存在冲突，既影响司法机关的工作进行，又破坏了证据规则的统一性。什么样的证据是事实不清、证据不足，办案的检察官有很大的主观判断空间。所掌握的证据是否能达到起诉标准，主要由办案检察官决定，没有客观的标准予以监督和限制，另外我国没有完整的证据制度，因此一些实施的判断取决于检察官自身的经验和素质，除了证据补强规则等个别规定，我国法律没有操作性强、由权威的证据标准，使得实践中的存疑不起诉证据标准夹杂了过多的个人判断和选择，进一步影响到了司法的公正性。
根据法律规定，公诉机关对犯罪嫌疑人犯罪的事情充分认定，证据明确，应该追究犯罪嫌疑人的责任，将案件移送受理案件的法院。这个规定说明案件起诉，证据需要达到的标准，即有充足的证据可以证明被告人所犯犯罪事实和情节。具有以下情形的，不能认定犯罪行为不是由犯罪嫌疑人实施，属于事实不清、证据不足，不应该提起诉讼:第一、认定犯罪性质的证据不清晰，无法证明真假;第二、基本的犯罪事情缺乏确实的证据予以说明;第三、侦查机关掌握的犯罪嫌疑人犯罪的多个证据之间存在冲突，并且不能通过现有证据进行取舍;第四、侦查机关收集的证据可能推
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