摩托车驾照扣了6分未满12分的没有关系，罚款缴清了，记分会予以清除的。

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第六十九条
机动车驾驶人在一个记分周期内记分未达到12分，所处罚款已经缴纳的，记分予以清除；
记分虽未达到12分，但尚有罚款未缴纳的，记分转入下一记分周期。