交通肇事罪案件中，决定是否允许车主取回被扣留车辆的因素主要包括所涉车辆是否构成案件所需的重要证据，以及其是否对公众的生命财产安全存在潜在威胁。在绝大多数情况下，如果涉案车辆并非关键证物或者在调查过程中不再需要继续扣押，那么相关执法机构经过特定流程批准后，有可能将车辆归还给车主。
然而，具体的操作规程仍需依据当地公安机关的相关法律法规进行。

《刑事诉讼法》第一百四十二条侦查机关应当将用作证据的扣押物品、文件、邮件、电报或者冻结的存款、汇款清单，随案移送人民检察院。