处理要约撤回晚于要约到达的方式是：撤回不发生法律效力，要约生效，双方应当根据要约约定，履行相关的义务。若一方反悔的，可以与另一方协商，解除合同。协商不成的，可以起诉解除，且违约方需要承担相应的违约责任。

《民法典》第四百七十二条
要约是希望与他人订立合同的意思表示，该意思表示应当符合下列条件：
（一）内容具体确定；
（二）表明经受要约人承诺，要约人即受该意思表示约束。
第一百四十一条
行为人可以撤回意思表示。撤回意思表示的通知应当在意思表示到达相对人前或者与意思表示同时到达相对人。
第四百七十五条
要约可以撤回。要约的撤回适用本法第一百四十一条的规定。