合法订立的补充协议是有效的。当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行，补充合同的效力优于主合同的效力。时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订变更，应当按照补充协议的规定执行。
补充合同是依附于主合同而存在的，补充合同不能对主合同补充太多的新规定。补补充协议对主合同的实质要件进行了较大的补充修改，这些补充和修改已经符合合同变更的要求，应该称之为合同变更。
当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。
补充协议的当事人应当与原合同当事人严格一致。补充协议的形式应当与原合同一样完备。严格防止与原合同发生内容矛盾。只要不违反法律的禁止性和限制性规定，且充分尊重当事人双方的意思自治，协议内容合法有效的话，补充协议与主合同的效力是同等的。
在补充协议与主合同发生冲突时，视为对主合同的变更或撤消，其效力优于主合同。即补充合同中与主合同相冲突的条款，补充协议的条款优先适用。双方需要在补充协议中明确补充原合同的效力范围，明确补充主合同是在原来的范围之内生效还是有所变动、如何变动等。

【法律依据】
《民法典》第五百一十条，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。