由债权人向法院申请宣告债务人为失踪人，然后由代管人从失踪人的财产中支付借款。
《民法典》
第四十条 自然人下落不明满二年的，利害关系人可以向人民法院申请宣告该自然人为失踪人。
第四十一条 自然人下落不明的时间自其失去音讯之日起计算。战争期间下落不明的，下落不明的时间自战争结束之日或者有关机关确定的下落不明之日起计算。
第四十二条 失踪人的财产由其配偶、成年子女、父母或者其他愿意担任财产代管人的人代管。
代管有争议，没有前款规定的人，或者前款规定的人无代管能力的，由人民法院指定的人代管。