农村自建房不动产登记的作用有：
1.确认权属：确认农村自建房的权属，避免出现房屋所有权纠纷。
2.保障权利：为农村自建房的所有权人提供法律保护，维护其合法权益。
3.支持融资：可以使用房产证明作为抵押物，支持融资或贷款。
4.便于交易：提高农村自建房的交易透明度和流动性，方便交易过户。
5.增加价值：增加农村自建房的价值，提高其市场竞争力。

《中华人民共和国民法典》第二百零九条
【不动产物权登记的效力】不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。