可以通过下列方法来计算公路运输合同纠纷的损失：
1、若当事人对损失赔偿额的计算方法有约定的，按其约定；
2、若没有约定的，损失赔偿额应相当于因违约所造成的损失，并包括合同履行后当事人可以获得的预期利益。

《民法典》第五百八十三条
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，在履行义务或者采取补救措施后，对方还有其他损失的，应当赔偿损失。
第五百八十四条
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益；但是，不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。
第五百八十五条
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。