借条超过诉讼时效的，可以与借款人协商达成新的还款协议，这样就形成了新的债权债务关系。
如果借款人不配合的，则债权人就需要提供证据证明自己曾在三年内向借款人主张过还款，或者存在其他诉讼时效中止或者中断的情形，这样就不会因为超过诉讼时效而丧失胜诉权。

《民法典》第一百九十五条
有下列情形之一的，诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算：
（一）权利人向义务人提出履行请求；
（二）义务人同意履行义务；
（三）权利人提起诉讼或者申请仲裁；
（四）与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形。