在涉及有两个孩子的离婚案件中，法院进行判决时通常会遵循一定的原则，具体如下：
1.最有利于未成年子女原则：
这是核心原则。
法院会全方位、细致地综合考量父母双方的抚养能力和抚养条件。
抚养能力方面，包括双方的经济收入水平，能否为孩子提供稳定的生活物质保障，抚养条件则涉及居住环境是否安全、舒适，周边是否有优质的教育资源等，一切都是为了切实保障孩子的身心健康以及合法权益。
2.具体情况分析：
当两个孩子都不满两周岁时，一般情况下会判决随母亲生活。
因为这个阶段的孩子通常更需要母亲的照料。
但如果母亲存在不适宜抚养的特殊情形，
孩子已满两周岁时，法院会综合多方面因素进行判决。
通常判决一方抚养一个孩子的情况比较常见。
不过，如果一方存在不利于孩子成长的因素，像有赌博、吸毒等恶习，或者有犯罪记录，可能会判决两个孩子都归另一方抚养。
孩子已满八周岁时，法院会充分尊重孩子的真实意愿，因为这个阶段的孩子已经有了一定的认知和判断能力。

案情回顾:

小朱和小李离婚，育有两个孩子。小朱经济条件好但常出差，小李收入一般但能全身心照顾孩子。两个孩子中一个不满两周岁，一个已满八周岁。不满两周岁孩子的抚养权双方存在争议，已满八周岁孩子表示愿随小李生活，小朱对此有异议。

案情分析:

1、对于不满两周岁的孩子，一般应判随母亲小李生活，除非小李存在不适宜抚养的特殊情形，如严重传染性疾病或精神疾病等。从目前情况看，小李能全身心照顾孩子，有抚养优势。
2、已满八周岁的孩子明确表示愿随小李生活，法院会充分尊重其真实意愿。小朱虽有异议，但孩子的自主意愿在此时会是重要考量因素。