新生儿抚养权的归属问题，并非由某个特定部门来确定，而是依据相关法律规定以及司法程序进行判定，具体情况如下：
一、一般原则
在通常情况下，当父母双方都具备抚养孩子的条件，且不存在特殊情形时，新生儿的抚养权一般归属于父母双方。
这是基于父母与子女之间天然的血缘关系和法律赋予的权利义务。
父母作为孩子的第一监护人，对未成年子女有着抚养、教育以及保护的权利和义务。
例如，父母需要为新生儿提供生活所需，包括食物、住所、衣物等，同时还要关注孩子的身心健康，为其创造良好的成长环境，通过言传身教等方式对孩子进行教育。
二、特殊情况
如果父母双方无法就新生儿的抚养权达成一致意见，或者其中一方存在不适合抚养孩子的状况，在这种情况下，另一方可以向人民法院提起诉讼。
法院会综合各种具体情况，按照最有利于未成年子女的原则来作出判决。
总之，新生儿抚养权通常基于父母的身份自然取得。
一旦出现争议，人民法院会根据法律规定和实际情况，作出公正、合理的裁决。

案情回顾:

小朱和小李婚后育有一新生儿。小李患有严重传染性疾病，小朱认为小李不适合抚养孩子，自己应取得单独抚养权，小李则认为自己也有抚养权利，双方就新生儿抚养权产生争议，小朱遂向法院提起诉讼。

案情分析:

1、一般情况下，父母双方具备抚养条件且无特殊情形时，新生儿抚养权归父母双方，这基于血缘关系和法律规定，父母有抚养教育保护子女的权利义务。
2、本案中，小李患有严重传染性疾病，可能威胁孩子健康，属于不适合抚养孩子的特殊情况。法院会综合双方经济状况、生活环境等因素，按最有利于未成年子女原则判决。