通常来讲，协议离婚当天能否拿到证得依据具体情形来判断。
其一，双方务必一同前往婚姻登记机关去申请离婚登记，同时递交离婚协议书以及其他相关的资料。
倘若这些材料都准备齐全，并且满足法定的条件，那么婚姻登记机关便会展开审查工作。
要是符合离婚的条件，就会予以登记，接着发放离婚证。
其二，在实际操作过程中，往往会因为各式各样的原因而致使审查等一系列流程耗费一定的时间，也就不一定能够当场拿到证。
比如，双方在申请离婚登记的时候出现了争议，或者婚姻登记机关需要进一步去核实相关的情况等，这些情况都有可能会延迟发证的时间。
由此可见，不能一概而论地认定分居十几年之后进行协议离婚当天就肯定能够拿到证。
这其中存在着诸多不确定的因素，需要根据具体的实际情况来确定拿到证的时间。
案情回顾:
小朱和小李感情破裂分居十几年后，决定协议离婚。他们一同前往婚姻登记机关，递交离婚协议书和相关资料申请离婚登记。但办理过程中出现争议，婚姻登记机关需进一步核实情况，小朱认为按分居时长当天应拿证，小李觉得应按流程来，当天未能拿到离婚证。
案情分析:
1、协议离婚当天能否拿证取决于多种因素，如资料是否齐全、是否符合法定条件等。
2、出现争议或需核实情况时，婚姻登记机关按规定处理，不会因分居时长就当场发证，要走完审查流程确保符合离婚条件才会发证。