在未获取临床医师资格证书的情况下擅自从事医疗工作，会面临两种严重后果：
第一种是依照相关法律法规进行行政处分；
第二种是可能触犯刑法，受到刑事惩戒。
对于行政处分的情况，可能涉及暂停营业，没收其违法所得及其医疗用品与仪器设备，此外还需根据实际违规情节酌情支付1万元以内的罚金。
针对未获得医生执业资格就非法行医的人士，如果情节严重，将被判处有期徒刑三年以下，拘役或管制，同时还要处以罚金，情况特别恶劣者甚至可以判决有期徒刑三年以上十年以下，同样需要缴纳罚金。
至于对患者身体健康造成的直接损害，可能导致的刑期更长，甚至达到十年以上，且同样要缴纳罚金。

《刑法》第三百三十六条
未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金;严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金;造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。