金融凭证诈骗罪的立案标准：个人进行金融凭证诈骗，数额在一万元以上的；单位进行金融凭证诈骗，数额在十万元以上的。金融凭证诈骗罪是指以非法占有为目的，采用虚构事实、隐瞒真相的方法，使用伪造、变造的委托收款凭证、汇款凭证、银行存单等其他银行结算凭证，骗取他人财物，数额较大的行为。

《最高人民检察院公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》第五十二条
使用伪造、变造的委托收款凭证、汇款凭证、银行存单等其他银行结算凭证进行诈骗活动，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）个人进行金融凭证诈骗，数额在一万元以上的；
（二）单位进行金融凭证诈骗，数额在十万元以上的。