二罪均属职务性财产犯罪，均是将公款转归行为人控制，但其主观目的不同，其客观行为也存在差异：
1、是犯罪性质不同。挪用公款罪侵害的是公共财产的使用权、占有权；贪污罪侵害的是公共财产的所有权。
2、是犯罪对象不同。挪用公款罪的对象限于公款和法定类型的公物；贪污罪的对象为一切公共财物。
3、是行为内容不同。行为人是否采取弄虚作假的手段，使自己占有公款的事实在账目上难以发现。如使用虚假发票、对账单等会计凭证，使其占用的公款已难以在单位财务账目上反映出来的，一般应当认定为贪污行为。对于行为人采取了弄虚作假的手段平账，但由于受到某种条件的制约，不能完全平账的，也不能仅以账未做平作为不定贪污罪的理由；行为人销毁有关账目的。
4、是主体范围不同。挪用公款罪的主体为国家工作人员，贪污罪的主体除国家工作人员外，还包括受委托管理、经营国有财产的人员。
5、是主观目的不同。挪用公款罪以非法取得公款使用权为目的；贪污罪则以不法所有公共财物为目的。

《刑法》第三百八十四条
【挪用公款罪】国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过三个月未还的，是挪用公款罪，处五年以下有期徒刑或者拘役;情节严重的，处五年以上有期徒刑。挪用公款数额巨大不退还的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。
挪用用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物归个人使用的，从重处罚。
第三百八十二条
【贪污罪】国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的，是贪污罪。
受国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体委托管理、经营国有财产的人员，利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有国有财物的，以贪污论。
与前两款所列人员勾结，伙同贪污的，以共犯论处。