若保险公司基于合乎逻辑的原因而拒绝赔偿重大疾病保险金，一般而言，保单依然具有效力。但是，针对已经作出拒赔决定的特定疾病或情形，其保障责任有可能将被终止。
然而，对于那些并未被判定为拒赔的疾病或者条款，它们将会依照合约中的约定，持续发挥应有的作用。
然而，在实际操作中，我们需要参考保险合同的详细条款以及相关的法律法规来进行判断和处理。

《保险法》第一百三十六条第五款：
保险责任开始前，投保人可以解除合同，保险人也可以解除合同，但应当退还保险费。保险责任开始后，投保人解除合同的，保险人可以收取自保险责任开始之日起至合同解除之日止期间的保险费，剩余部分退还投保人。这里的“解除合同并不直接针对拒赔情况，但体现了保险合同的效力一般不受单次理赔事件影响。