可能在以后的量刑上有区别。在检察院签认罪书从一定程度上证明嫌疑犯的犯罪行为已经确定，如果签了认罪书是认罪态度良好的表现，当移交人民法院审判时可以依据情况量刑。因此，如果没有充分的无罪证明一般建议在检察院认罪。认罪悔罪的，可以从轻处罚。
法律依据：
《刑法》第62条
犯罪分子具有刑法规定的从重处罚、从轻处罚情节的，应当在法定刑的限度以内判处刑罚。