公司注销后，公司车牌保留下来的方式是办理机动车转移登记或者注销登记后，原机动车所有人申请办理新购机动车注册登记时，向车辆管理所申请使用原机动车号牌号码。
申请的时间是办理机动车迁出、共同所有人变更、转让登记或注销登记后两年内。

《机动车登记规定》第四十四条
办理机动车变更登记、转让登记或者注销登记后，原机动车所有人申请机动车登记时，可以向车辆管理所申请使用原机动车号牌号码。
申请使用原机动车号牌号码应当符合下列条件：
在办理机动车迁出、共同所有人变更、转让登记或者注销登记后两年内提出申请；
机动车所有人拥有原机动车且使用原号牌号码一年以上；
涉及原机动车的道路交通安全违法行为和交通事故处理完毕。