关于房屋款项未能按期全额交付所产生的违约金扣除方式，往往受限于购房合约之中的具体条款约定。
在大多数情况下，若购房合约中已经明确了对于违约金的具体计费方式以及比例，那么便应严格依照合约规定来予以执行。
举例而言，这可能包括以未能全额支付的房屋款项为基础，按照一定的比例每日或者每月进行计算违约金。
然而，若购房合约并未对此作出明确规定，则可能需要参考相关的法律法规，以此来确定较为合理的违约金扣除范围。

《中华人民共和国民法典》第五百八十五条
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。