在交通事故发生后，车辆被扣押期间，一般情况下是会计算营运车辆的停运损失的。
营运车辆本身是以从事运营活动来获取收益的，而在扣车期间，它无法正常地进行营运工作，也就无法获得应有的收益。
这种由于扣车这一行为而导致的损失，是应当给予赔偿的。
依据相关的法律规定，交通事故所造成的损失包含直接损失和间接损失这两个方面。
其中，停运损失就属于间接损失的范畴，肇事方有责任承担起对这部分损失的赔偿义务。
不过，这里有一个重要的前提，那就是如果想要主张停运损失，就必须提供相关的证据。
比如营运车辆的营运证，它是证明车辆具备营运资格的重要凭证；行驶证，用于确认车辆的合法身份；营运合同，能表明车辆的营运方式和相关约定；还有停运期间的租金或利润损失证明等，这些证据对于确定停运损失的具体数额是非常关键的。
倘若双方在停运损失的赔偿金额上无法达成一致意见，那么就可以通过诉讼的途径来解决问题。
由法院根据具体的案件情况进行仔细的认定和公正的判决，以确保双方的合法权益都能得到合理的维护。

案情回顾:

小朱驾驶营运车辆与小李发生交通事故，车辆被扣押。小朱认为这期间的停运损失应由小李赔偿，小李拒绝。小朱拿出营运证、行驶证、营运合同等，但小李对小朱提供的停运期间租金或利润损失证明不认可，双方就赔偿金额无法达成一致，小朱欲起诉。

案情分析:

1、营运车辆扣车期间的停运损失按规定属于应赔偿的间接损失，小李若为肇事方有赔偿责任。
2、小朱虽拿出部分证据，但利润损失证明未被小李认可，在诉讼中法院需根据确切证据认定损失数额，以做出公正判决来维护双方合法权益。