股东应付的出资款与公司对其的债务不能抵销。
抵销是指破产债权人在破产宣告时对破产人负有债务的，可以不依破产程序以破产债权在破产分配前相互抵销。
当事人主张抵销的，应当通知对方。

《民法典》第五百六十八条
当事人互负债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销；
但是，根据债务性质、按照当事人约定或者依照法律规定不得抵销的除外。
当事人主张抵销的，应当通知对方。
通知自到达对方时生效。
抵销不得附条件或者附期限。