知识产权纠纷是可以通过协议来确定管辖法院的。
协议管辖，就是在纠纷还没发生或者已经发生之后，当事人用书面协议的方式去选择能解决他们之间纠纷的管辖法院。
就拿知识产权纠纷来说，当事人在法律允许的范围内，能够通过协议约定让特定的法院来管辖这个纠纷。
不过，这里有个要注意的点，那就是协议管辖不能违反级别管辖和专属管辖的规定。
比如说专利纠纷案件，它是由知识产权法院、最高人民法院确定的中级人民法院以及基层人民法院来管辖的；
而著作权纠纷案件，则是由侵权行为的实施地、侵权复制品储藏地或者查封扣押地、被告住所地的人民法院来管辖等等。
只有完全符合法律规定的那些情况，协议管辖才会是有效的，这样就能更好地保障当事人的合法权益。