双方有专利权纠纷的，当事人是可以协商解决的，双方不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。
如果管理专利工作的部门认定侵权行为成立的，会责令侵权人立即停止侵权行为。

《专利法》第六十五条
，未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决；
不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。
管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉。