违章建筑的房子属于县级以上人民政府土地行政主管部门管理，一般是由住建部门和市政管理部门负责。
住建部门和市政管理部门责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施的，建设单位或者个人必须立即停止施工，自行拆除。

《土地管理法》第八十三条依照本法规定，责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施的，建设单位或者个人必须立即停止施工，自行拆除；
对继续施工的，作出处罚决定的机关有权制止。
建设单位或者个人对责令限期拆除的行政处罚决定不服的，可以在接到责令限期拆除决定之日起十五日内，向人民法院起诉；
期满不起诉又不自行拆除的，由作出处罚决定的机关依法申请人民法院强制执行，费用由违法者承担。