在实践中，我们一般不鼓励使用未经备案的合同专用章。
这种行为有可能使合同的法律效力产生疑虑，并提升交易过程中的潜在风险。
然而，尽管如此，如果双方对于合同的具体条款及履行事宜均无异议，且该合同已经得到切实履行，那么由未经备案的合同专用章所签订的合同仍然可以被视为具有法律效应。

《印章治安管理办法》第十条
需要刻制印章的单位应当到公安机关批准的刻制单位刻制；刻制单位将刻制的印章向公安机关办理印鉴备案后，方准启用。