如果在夫妻关系中，双方已长时间处于分居状态超过两年的期间，原告才向法院提出离婚申请，那么此时法院未必会直接予以批准。
然而，需要明确的是，不存在夫妻因为分居而导致离婚行为是否合法的问题。
根据我国相关法律规定，若夫妻之间由于情感上的矛盾无法调和，已经达到分居两年以上的程度，且经过调解后仍无任何改善，则法院应依法准许其离婚请求。
但是，值得注意的是，分居的原因必须是由于情感上的矛盾所引发，同时还需提供充足的证据来证实分居的实际情况，例如租赁合同、社区委员会出具的证明文件等等。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。