关于如何妥善处理农村房屋确权争议问题，我们给出如下几点建议和方法:
首先，对于涉及农村房屋确权问题而产生争议的事宜，应先由相关各方自行协商解决；
其次，若协商无果，则可寻求当地人民政府进行公正的处理；
最后，若对政府处理结果仍存在异议，则可依法向法院提起诉讼。

《中华人民共和国土地管理法》第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。