对个人股权转让所得征收个人所得税的主管税务机关是被投资企业所在地的税务机关。
纳税人或扣缴义务人应到主管税务机关办理纳税申报和税款入库手续。个人股东股权转让所得个人所得税以发生股权变更企业所在地地税机关为主管税务机关。主管税务机关应按照《个人所得税法》和《税收征收管理法》的规定，获取个人股权转让信息，对股权转让涉税事项进行管理、评估和检查，并对其中涉及的税收违法行为依法进行处罚。
具有下列情形之一的，扣缴义务人、纳税人应当依法在次月15日内向主管税务机关申报纳税：
(一)受让方已支付或部分支付股权转让价款的;
(二)股权转让协议已签订生效的;
(三)受让方已经实际履行股东职责或者享受股东权益的;
(四)国家有关部门判决、登记或公告生效的;
(五)本办法第三条第四至第七项行为已完成的;
(六)税务机关认定的其他有证据表明股权已发生转移的情形。
纳税人、扣缴义务人向主管税务机关办理股权转让纳税(扣缴)申报时，还应当报送以下资料：
(一)股权转让合同(协议);
(二)股权转让双方身份证明;
(三)按规定需要进行资产评估的，需提供具有法定资质的中介机构出具的净资产或土地房产等资产价值评估报告;
(四)计税依据明显偏低但有正当理由的证明材料;
(五)主管税务机关要求报送的其他材料。

《国家税务总局关于发布<股权转让所得个人所得税管理办法(试行)>的公告》第十九条，个人股权转让所得个人所得税以被投资企业所在地税务机关为主管税务机关。