关于协议书的有效期，需依据具体情形来判断，具体如下：
1.约定明确有效期的情况：
若协议书明确约定了有效期，那么当此期限届满时，协议书一般就不再具备法律效力。
例如，一份合作协议书约定合作期限为1年，1年期满后，若无其他特殊约定，该协议就不再有效。
2.未约定有效期的情况：
若协议书未约定有效期，通常在法律上是持续有效的。
不过，若存在法定解除情形，协议效力则会终止。
比如一方严重违约，致使协议目的无法实现；
或者协议中约定的解除条件达成等。
3.受诉讼时效限制的情况：
部分特殊类型的协议书会受诉讼时效约束。
像合同纠纷的诉讼时效一般为三年，从知道或者应当知道权利被侵害时开始计算。
综上所述，不能一概而论地说协议书两年后必然有效或无效，而是要结合协议书的具体内容以及相关法律规定进行综合判断。

案情回顾:

小朱与小李签订合作协议书，小朱认为协议未约定有效期应一直有效，小李则称按行业惯例应两年后失效，双方就协议书有效期产生争议，且期间小朱怀疑小李存在违约致协议目的难实现的情况。

案情分析:

1、若协议书明确约定了有效期，如约定合作期限为1年，期满无特殊约定则协议不再有效。本案未约定有效期，通常应持续有效。
2、若存在法定解除情形，如一方严重违约致协议目的无法实现，协议效力会终止。本案中小朱怀疑小李违约，若属实则协议可能终止。
3、部分协议受诉讼时效限制，合同纠纷一般三年，本案若涉纠纷需关注时效问题。