根据现行民法典关于借贷合同纠纷的相关规定，自然人之间的借款协议发生争议时，其诉讼时效期为三年时间，始自债权人知晓或应当知晓自身权益受损及债务人违反债务约定的具体日期开始计算。
若该诉讼时效超过二十年，则人民法院将不再予以保护，除非存在特殊情形，人民法院方可依据债权人的申请决定是否予以延长。
因此，在正常情况下，自然人之间的借款协议的有效诉讼期限通常为三年，但如有特殊情况或法律另有规定，则应以法律为准。

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。