首先，公司应当积极与员工展开沟通交流，心平气和地就欠款事宜进行商讨。
明确告知员工欠款的具体情况，包括欠款的金额、时间等细节，同时与员工一起制定详细的还款计划，确保双方都清楚了解还款的步骤和时间节点。
并且，公司一定要妥善保留好整个沟通协商过程的记录，这些记录将成为后续维护权益的重要依据。
若员工坚决拒绝还款，公司便可以向劳动争议仲裁委员会正式提交仲裁申请，要求员工归还欠款。
在这个仲裁过程中，公司必须要提供足够充分的证据，比如欠款的凭证，像借条、转账记录等，这些证据能够有力地证明欠款的事实存在。
只有具备了充分的证据，公司在仲裁中才更有底气，也更有可能获得胜诉。
当仲裁裁决生效后，如果员工依然不履行还款的义务，公司就可以向法院申请强制执行。
法院会依据公司提供的各种执行线索，对员工的财产进行一系列的措施，比如查封其房产、扣押其车辆、拍卖其贵重物品等，通过这些强制手段给员工施加压力，迫使他们履行还款的责任。
另外，公司也可以考虑在员工的工资中扣除相应的欠款，但这必须要符合法律的规定，不能随意扣除。
并且，公司需要提前将这一做法告知员工，让员工知晓公司的意图和做法，避免引起不必要的纠纷。
总之，公司在面对员工欠款的情况时，一定要保持冷静，通过合法的途径来维护自身的权益，确保欠款能够最终得到追回，保障公司的合法利益不受损害。

案情回顾:

小朱所在公司发现小朱存在欠款情况，与小朱沟通协商还款事宜并制定计划，保留了沟通记录。但小朱拒绝还款，公司申请仲裁，裁决生效后小朱仍不还钱，公司欲申请强制执行，同时考虑从工资中扣欠款，小朱对此表示不满。

案情分析:

1、公司与小朱沟通协商并保留记录，做法正确，这为后续维权提供了重要依据，能证明公司积极解决问题的态度。
2、申请仲裁时，公司若能提供如借条、转账记录等充分证据，胜诉可能性较大，符合法定维权程序。
3、仲裁裁决生效后申请强制执行，借助法院力量强制小朱还款，合法合理。
4、从工资中扣欠款虽有法律规定限制，但公司提前告知小朱，能减少纠纷风险。