医疗纠纷进行行政诉讼的起诉流程大致如下：首先，要清晰地确定行政诉讼的被告，通常来说，就是那个作出了具体行政行为的卫生行政部门之类的机构。
接着，精心准备起诉状，这可是关键的一步。
起诉状里必须明确地阐述诉讼请求，要把自己期望得到的结果清晰地表达出来；
同时，还要详细地陈述事实与理由，把医疗纠纷的来龙去脉以及为什么认为行政行为存在问题等都写清楚。
并且，起诉状一定要符合法定的格式要求，保证内容真实且准确，不能有任何虚假或误导性的信息。
其次，要全力收集相关的证据，像是医疗事故鉴定报告、完整的病历资料等，这些证据能有力地证明行政行为的违法性，或者是行政行为对自身权益造成了侵害。
然后，把准备好的起诉状以及收集到的证据材料，提交到有管辖权的人民法院，一般就是作出行政行为的卫生行政部门所在地的基层人民法院。
法院在收到这些起诉材料之后，会进行严格的审查，要是符合法定条件的，就会立案受理，之后就会进入审理程序，双方要依次进行举证、质证等一系列的活动，最后由法院作出公正的判决。