关于夫妻各有一套房再买是否算第三套房的问题，在大多数情况下，答案是肯定的。
以下为你详细分析：
1.认定标准：
目前，众多城市在房产套数认定方面遵循“认房又认贷”原则。
所谓“认房”，就是查看夫妻双方名下实际所拥有的房产数量。
这意味着不管房产是通过何种方式获得，“认贷”则是看夫妻双方是否有过房贷记录，即便贷款已经还清，该记录依然会在相关部门留存并作为认定依据。
2.具体情形：
当夫妻双方各自名下已经有了一套房时，无论此前购房是否有贷款，或者贷款是否已经还清，再次购买房产时，通常都会被认定为第三套房。
例如，夫妻一方的房子是全款购买，另一方的房子是贷款购买且已还清，这种情况下再买房，同样会被视作第三套房。
3.政策影响：
购买第三套房在很多地方会受到严格的政策限制。
不过，不同地区的房产政策或许存在差异，具体认定还需结合当地政策来确定。

案情回顾:

小朱和小李是夫妻，小朱名下有一套全款购买的房，小李名下有一套贷款购买且已还清的房。后来他们打算再买一套房，房产交易中心认定此为第三套房，小朱和小李对此认定存在异议，认为不应算第三套房。

案情分析:

1、按照“认房又认贷”原则，“认房”方面，夫妻双方名下实际拥有的房产都会被计入套数，小朱和小李各有一套房，已累计两套。
2、“认贷”方面，虽小李贷款已还清，但房贷记录仍会作为认定依据。所以，综合来看，他们再买房被认定为第三套房是符合规定的。不同地区政策虽可能有差异，但通常遵循此原则。